宇文化及弑君后，看着萧皇后，下不去手了。
618年4月11日，动乱骤起，杨广被宇文化及的军队擒获。 预感到死亡将至，杨广请求饮鸩，然而宇文化及却迫不及待地命令士兵将其绞杀。 事后，宇文化及凝视着萧皇后，故作安慰：“皇后娘娘节哀，我不会亏待您的。” 萧皇后悲愤地斥责道：“宇文将军犯下弑君逆行之罪，不思社稷安危，却在此耽搁于妇人？就不怕天下人唾骂您是乱臣贼子吗？” 宇文化及对此不以为然，轻描淡写地说：“娘娘何必如此惊慌？” 他眼神中流露出的贪婪和不轨之意，昭然若揭。
随后，萧皇后与幸存的皇室成员，随宇文化及的军队北上。 途中，宇文化及对萧皇后的美貌垂涎欲滴，强行霸占了她，并扶植杨浩为傀儡皇帝。 后来，宇文化及率领十万隋军与李密的瓦岗军交战，惨败后，仅率领一万残兵败退到聊城。 野心勃勃的宇文化及，毒死了杨浩，自立为帝，国号“许”，并封萧皇后为淑妃。
不久，窦建德的军队逼近聊城。 宇文化及怒不可遏，摔碎了茶盏：“区区叛军也敢冒犯我！待我出城，定将他们杀个片甲不留！” 萧皇后却提醒道：“您可知‘骄兵必败’的道理？窦建德深得民心，军士骁勇善战。” 宇文化及勃然大怒，掐住萧皇后的脖子：“你不过一介女流！懂什么兵法？再敢多言，小心你的性命！” 就在他越发用力之际，传来喊声：“窦建德的先锋部队已抵达城下！” 宇文化及咒骂一声，松开手，仓皇出城指挥作战。
聊城很快失守，宇文化及父子被俘，并被处决。 窦建德看着跪在地上的萧皇后，感叹道：“难怪宇文化及会为妳神魂颠倒，如此绝色，留在身边倒也赏心悦目。” 窦建德的妻子曹氏却坚决反对，认为萧皇后是不祥之人，极力阻止窦建德收留她。 最终，萧皇后还是落入窦建德之手。
萧皇后的遭遇传到她小姑子——隋朝义成公主（后嫁突厥可汗）耳中，义成公主向可汗求情，请求将萧皇后送往突厥，并索要宇文化及的首级。 窦建德为了避免与突厥交恶，答应了请求。 义成公主将宇文化及的首级悬挂示众，以解心头之恨。
在突厥，处罗可汗询问萧皇后：“长安好，还是这里好？” 萧皇后看着漫天飞雪，想起长安的繁华，轻叹：“何处不是囚笼？我的一生，早已身不由己，在这乱世，不过是任人摆布的棋子。” 义成公主对此嗤之以鼻，认为萧皇后当年未能劝阻杨广，也应为隋朝的灭亡负有责任。
虽然在处罗可汗时期，萧皇后过了一段相对平静的日子，然而处罗可汗死后，新任可汗颉利强行霸占了她。 在突厥政局动荡之际，颉利警告萧皇后不要惹事。 萧皇后仰天大笑，笑声中充满了无奈和绝望。
贞观四年，李靖率唐军攻灭东突厥，萧皇后被召回长安。 归途遭遇突厥叛军袭击，但被唐军击退。 在长安，李世民设宴款待她，称其为表婶，并斥责了那些对萧皇后身份议论纷纷的大臣。 晚年的萧皇后，每日对着扬州方向焚香，怀念着过往。
